洁净厂房的建造应经过工程前期设计、工程深化设计、工程施工安装、工程各系统设备调试检验及工程竣工验收等几个阶段。洁净厂房设计、施工和验收的主要依据除了国家的相关政策、当地政府的地方法规和工程业主方的各种要求外，洁净厂房建造的主要技术依据是《美联邦Fed.Std.209E》、《ISO14644-1标准》、 《洁净厂房设计规范》GB50073-2013、《洁净室施工及验收规范》GB 50593-2010及《2010版GMP标准》以及其它的相关国家标准规范等，如：《建筑设计防火规范》、《采暖通风与空气调节设计规范》、《暖通与空调工程施工验收规范》等。

洁净厂房的建造程序中，工程设计必须遵循国家的有关规定，工程设计一般应经历“可行性研究”、“初步设计”、“深化设计”、“施工图设计”等阶段，并且每一阶段的设计成果均应经过有关部门或单位审查、批准或图纸审查。洁净室还需根据具体工程情况、复杂程序等，必要时还需进行二次设计或洁净室装饰设计，必要时，公用动力设施还需进行部分装置的详图设计等。

洁净室经过精心施工完成后，洁净室应进行严格的工程验收，通常，此类工程验收分两阶段进行，即竣工验收和洁净室综合性能评定。竣工验收应在洁净室系统联动试验8h后进行，验收严格按《洁净室施工验收规范》中的各项检测项目、要求进行，洁净室占用状态为空态或静态，由施工方与业主商定。竣工验收前后，应由施工方向业主提供全部相关技术资料、竣工图纸、所有设备的材料的合格证说明书等全部验收文件。

洁净室综合性能全面评定的检测状态由业主、施工方、设计方共同商定或两方商定，如需要第三方权威检测报告的。可由业主或施工方请国家承认有资格的检测单位进行检测，并提供权威的洁净室综合性能检测报告。注：综合性能全面评定必须经过洁净室各种系统全面调试，全面运行24小时后才能进行。